Overheden die instaan voor het waterbeleid en het beheer van de waterlopen noemt men waterbeheerders. In Vlaanderen zijn heel wat besturen bevoegd voor het waterbeheer. Afhankelijk van de categorie van de waterloop wordt er een specifieke waterbeheerder aangewezen.
De grootste waterlopen (1ste categorie) zoals de Dommel in Overpelt en Neerpelt en de Warmbeek in Hamont-Achel worden beheerd door de Vlaamse Milieumaatschappij (VMM). De kleinere waterlopen vallen onder de bevoegdheid van de provincie (2de categorie) of de gemeente (3de categorie). In het ambtsgebied van een watering gebeurt het beheer van deze kleinere waterlopen door de watering.
Dit alles betekent dat de bevoegdheden inzake het beheer van waterlopen zeer versnippert is. In eenzelfde waterloop kunnen immers vier verschillende besturen (VMM, provincie, gemeente en watering) actief zijn. Elk van deze waterbeheerders heeft haar eigen verantwoordelijkheden en bevoegdheden en bepaalt in ruime mate zelf het beheer dat ze wenst te voeren.
Om dit beheer op elkaar af te stemmen is het belangrijk dat de waterbeheerders regelmatig overleggen en waterbeheerplannen op maken.